Het vierde seizoen gaat verder in de chaos waar seizoen 3 eindigde. Er is een nieuwe hoofdbewaarder aan het bewind die zijn expertise gebruikt om orde op zaken te stellen in de Litchfield gevangenis, maar zijn hardhandige methoden doen meer kwaad dan goed. Terwijl de gevangenen steeds meer in opstand komen tegen het schrikbewind van de bruut, probeert Caputo nog op een diplomatische wijze de vrede te bewaren. Maar door een aangrijpende gebeurtenis gaan alle remmen los.