Het verhaal draait rond de knappe matroos Georges Querelle (Brad Davis), die echter ook een dief en moordenaar is. Wanneer zijn schip, de Vengeur, aanlegt in Brest, bezoekt hij de Feria, een bar en bordeel voor matrozen, opengehouden door madame Lysiane (Jeanne Moreau), wier minnaar Robert is, de broer van Querelle. Querelle heeft een passionele liefde-haatverhouding met zijn broer. Als zij elkaar in La Feria ontmoeten, omhelzen zij elkaar, maar knijpen zij elkaar ook herhaaldelijk en traag in de buik. Lysianes echtgenoot Nono (Günther Kaufmann) houdt de bar open en drijft een duister handeltje met de hulp van zijn vriend, de corrupte politiekapitein Mario.