'Yossi & Jagger' is het portret van de relatie van twee Israëlische officieren op een afgelegen legerbasis bij de Israëlisch-Libanese grens. Ze zijn verliefd en proberen hun eigen plek te vinden in een onderdrukkend en rigide systeem, dat hen dwingt een doel te verdedigen waar ze niet per definitie in geloven. Yossi - bevelhebber van de compagnie - is een introverte jongen die in de eerste plaats in het systeem wil passen. Jagger, commandant van het peloton, is een open en meer vrijgevochten jongen. Yossi is vast besloten hun liefde geheim te houden, terwijl Jagger vindt dat Yossi samen met hem het leger moet verlaten. 'Yossi & Jagger' geeft een beeld van het tragische leven van de hedendaagse Israëlische jeugd. Door de kleine details van het soldatenleven te tonen, benadrukken de filmmakers de verwrongen omstandigheden waarin deze mensen moeten leven en sterven. De film toont een innemende groep jonge mannen en vrouwen die eigenlijk - op dit moment in hun leven - horen te dansen, studeren en lief te hebben. In plaats daarvan dwingt de verplichte militaire dienst en de gecompliceerde situatie in de regio hen de mooiste jaren van hun leven aan hun land te wijden. Soldaten te zijn, te doden en te worden gedood.